善玉菌にも悪玉菌にも属さない、菌を日和見菌といいます。全体の数としたら、むしろどっちつかずのこの菌の方が大多数であり、バクテロイデスやユウバクテリウム、嫌気性連鎖球菌、クロストリジウムなどの嫌気性細菌がこれに該当します。悪玉菌が繁殖すると悪玉菌になびき、減ると大人しくなる傾向が強いため、こう呼ばれます。